Laboratorium Analizy DNA

Print Friendly, PDF & Email

Laboratorium
Analizy DNA

Laboratorium Analizy DNA świadczy usługi w zakresie wszechstronnej analizy kwasów nukleinowych w szerokim spektrum próbek biologicznych, włączając materiał ludzki, mikrobiologiczny, zwierzęcy lub roślinny. Badania wykonujemy z wykorzystaniem nowoczesnej aparatury i technik stosowanych w wiodących ośrodkach badawczych na świecie.

  • Izolacja kwasów nukleinowych – oferujemy wysokoprzepustową automatyczną izolację DNA i RNA z wykorzystaniem aparatu QIASymphony (min. 24 próbki; 96 próbek w około 7 godzin). Kwasy nukleinowe izolujemy z następujących materiałów wyjściowych:
  • krew
  • tkanki (homogenizacja mechaniczna lub, na życzenie, kriohomogenizacja)
  • hodowle komórkowe
  • ludzkie i zwierzęce wydaliny i wydzieliny
  • bakterie (genom bakteryjny)
  • wirusy (izolacja DNA wirusów z hodowli, krwi)
  • bioślady (izolacja minimum 96 próbek) z wymazów nabłonka policzka, bibuł (krwi z badań przesiewowych noworodków) i innych biośladów

Uwaga: Izolacja plazmidów (mini, midi, maxiprep) możliwa jest wyłącznie ręcznie!

  • Oczyszczanie białek – przeprowadzamy oczyszczanie białek z metką histydynową przy użyciu aparatu QIASymphony.
  • Genotypowanie pojedynczych znanych mutacji – genotypowanie przeprowadzamy wieloma technikami molekularnymi, różniącymi się kosztem, czułością i przepustowością:
  • ARMS-PCR (amplification refractory mutation system) allelospecyficzna reakcja PCR
  • RFLP (restriction fragment length polymorphism) polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych – tylko w przypadku obecności w sekwencji miejsca rozpoznawanego przez restryktazy
  • HA (heteroduplex analysis) analiza heterodupleksów za pomocą elektroforezy kapilarnej, możliwa w około 80% mutacji
  • HRM (high-resolution melting curve) – wysokorozdzielcza analiza temperatury topnienia za pomocą aparatu Qiagen Rotor Gene Q lub Roche LightCycler

Wszystkie powyższe techniki wymagają optymalizacji. W tym celu wymagane jest dostarczenie kontroli pozytywnej zweryfikowanej sekwencjonowaniem bezpośrednim (Sangera lub pirosekwencjonowaniem). Czasami dla konkretnego rodzaju mutacji nie są możliwe żadne metody pośrednie i należy stosować sekwencjonowanie bezpośrednie.

  • Genotypowanie nieznanych mutacji – sekwencjowanie
  • Pirosekwencjonowanie – wysokoczułe sekwencjonowanie w poszukiwaniu konkretnych mutacji (długość sekwencji analizowanej ~80 pz) za pomocą Qiagen PyroMark Q24
  • NGS (next-generation sequencing) – sekwencjonowanie następnej generacji, pozwala na jednoczesne sekwencjonowanie wielu amplikonów w bardzo wielu próbkach w jednej probówce za pomocą Illumina MiSeq
  • Analiza genów zaangażowanych w choroby za pomocą zoptymalizowanych zestawów Illumina (Illumina MiSeq)
  • TruSight Tumor 15 – panel nowotworowy 15 genów
  • TruSight Tumor 26 – panel nowotworowy 26 genów
  • TruSight Cancer – panel nowotworowy >1700 eksonów, 94 geny (listy genów dostępne na stronie producenta i przy zapytaniu)
  • TruSight Cardio – 174 geny zaangażowane w 17 dziedzicznych chorób serca
  • TruSight Inherited Disease – 552 geny, regiony w których występują mutacje odpowiedzialne za choroby dziedziczne
  • TruSight Myeloid – 54 geny zaangażowane w nowotwory szpiku
  • TruSight Autism – 101 genów zaangażowanych w spektrum autyzmu
  • TruSight One – 4,813 genów związanych ze znanymi fenotypami klinicznymi
  • Sekwencjonowanie NGS RNA
  • oznaczanie mikroRNA z różnych organizmów i tkanek
  • celowane sekwencjonowanie transkryptów z różnych organizmów i tkanek
  • Sekwencjonowanie NGS małych genomów
  • bakterie
  • drożdże
  • wirusy
  • fagi
  • mitochondria
  • Analiza szczepów bakteryjnych – metagenomika 16S

Identyfikacja mikroorganizmów w złożonych ekosystemach:

  • żywność
  • ścieki
  • ludzkie i zwierzęce wydaliny i wydzieliny
  • Analiza metylacji DNA – analiza wybranych miejsc CpG za pomocą pirosekwenatora PyroMark Q24
  • Elektroforeza kapilarna – rozdział amplikonów/fragmentów DNA i RNA z rozdzielczością do 2 nukleotydów (analiza jakościowa i ilościowa).

METODY AKREDYTOWANE

Obecnie trwają prace nad wdrożeniem akredytowanej metody metagenomiki 16S zgodnie z normą ISO 17025. Jeżeli uda się ją wdrożyć, będziemy jedynym ośrodkiem w kraju posiadającym akredytację dla tej usługi.

20130710044023pic1

Automat do izolacji DNA/RNA/białek QIASymphony (Qiagen)

 

Homogenizatory: TissueLyzerII (Qiagen) and CryoMill (Retsch)

 

Spektrofoto- and spektrofluorymetr NanoDrop 8000 and 3300 (ThermoFisher Scientific)

 

Termocyklery SensoQuest

 

Termocykler real-time PCR (CEIVD) Rotor Gene Q (Qiagen)

 

Termocykler real-time PCR HT Light Cycler 480 (Roche)

 

Stacja pipetująca Piro (DORNIER-LTF)

 

Aparat do elektroforezy kapilarnej Fragment Analyzer (Advanced Analytical)

 

Sekwenator NGS MiSeq (Illumina)

 

Pirosekwenator PyroMark Q24 (Qiagen)

Zapisz

dr Anna Tracewska (Siemiątkowska) – Kierownik Laboratorium

mgr Milena Szafraniec – starszy inżynier procesu

Zapisz

Zapisz

Zapisz

Granty

SONATA 10 (Narodowe Centrum Nauki)
Grant nr: 2015/19/D/NZ2/031
Tytuł: W stronę światła: odkrywanie genetycznych przyczyn dziedzicznych chorób siatkówki w Polsce
Czas trwania: 01.12.2016 – 31.05.2019

  • Tracewska-Siemiątkowska AM, Haer-Wigman L, Bosch DGM, Nickerson D, Bamshad MJ, van de Vorst M, Rendtorff ND, Mӧller C., Kjellstrӧm U, Andréasson S, Cremers FPM, Tranebjærg L. An expanded multi-organ disease phenotype associated with mutations in YARS. Genes. 2017; 8, 381.
  • van Huet RA, Siemiatkowska AM, Ozgül RK, Yücel D, Hoyng CB, Banin E, Blumenfeld A, Rotenstreich Y, Riemslag FC, den Hollander AI, Theelen T, Collin RW, van den Born LI, Klevering BJ. Retinitis pigmentosa caused by mutations in the ciliary MAK gene is relatively mild and is not associated with apparent extra-ocular features. Acta Ophthalmol. 2015;93:83-94.
  • Bujakowska KM, Zhang Q, Siemiatkowska AM, Liu Q, Place E, Falk MJ, Consugar M, Lancelot ME, Antonio A, Lonjou C, Carpentier W, Mohand-Saïd S, den Hollander AI, Cremers FP, Leroy BP, Gai X, Sahel JA, van den Born LI, Collin RW, Zeitz C, Audo I, Pierce EA. Mutations in IFT172 cause isolated retinal degeneration and Bardet-Biedl syndrome. Hum Mol Genet. 2015;24:230-42
  • Siemiatkowska AM, Schuurs-Hoeijmakers JH, Bosch DG, Boonstra FN, Riemslag FC, Ruiter M, de Vries BB, den Hollander AI, Collin RW, Cremers FP. Nonpenetrance of the most frequent autosomal recessive Leber congenital amaurosis mutation in NMNAT1. JAMA Ophthalmol. 2014;132:1002-4.

Zapisz

Zapisz

Zapisz

Print Friendly, PDF & Email
Autor: , Opublikowano: 02.02.2016
plusfontminusfontreloadfont