Laboratorium
Bioobrazowania

• obrazowanie utrwalonych hodowli komórkowych i preparatów tkankowych za pomocą mikroskopii szerokiego pola, mikroskopii konfokalnej, dwufotonowej i skaningowej mikroskopii elektronowej
• obrazowanie przyżyciowe komórek i preparatów tkankowych w hodowli w świetle przechodzącym i techniką fluorescencji (kontrolowane warunki środowiska: temperatura, wilgotność, poziom CO₂ i O₂)
• analizy ilościowe obrazów mikroskopowych (np. dystrybucja, intensywność sygnału, morfologia i ruchliwość badanych obiektów)
• wizualizacje i rekonstrukcje 3D obrazów mikroskopowych
• wykonywanie preparatów histologicznych mrożeniowych i parafinowych
• rutynowe barwienia histochemiczne (np. hematoksyliną/eozyną) i immunofluorescencyjne
• mikrodysekcja laserowa do analizy białek, DNA lub RNA z wybranych obszarów lub komórek obecnych w preparatach histologicznych
• wykonywanie preparatów przyżyciowych z miękkiego materiału za pomocą wibratomu (narządy miąższowe, mózg)
• analiza powierzchni materiałów za pomocą mikroskopii konfokalnej i techniki odbicia światła lasera
• szkolenie z obrazowania i analizy obrazów

Mikroskopy

• mikroskop konfokalny Zeiss Cell Observer SD
  

• • statyw odwrócony
  • moduł spinning disk Yokogawa CSU-X1A 5000
  • lasery: 405, 488, 561, 639 nm
  • 2 kamery EMCCD QImaging Rolera EM-C2 (Dual Camera)
  • obiektywy: 10x (NA 0,30), 20x (NA 0,4 LD), 25x (NA 0,80 W), 40x (NA 0,6 LD; NA 1,20 W; NA 1,4 Oil), 63x (NA 1,20 W; NA 1,4 Oil), 100x (NA 1,46 Oil)
  • zmotoryzowany stolik skaningowy z modułem Definite Focus
  • inkubator XLmulti S1, wkładka grzewcza do płytek 96-dołkowych
  • kontroler temperatury oraz stężeń O₂ i CO₂
• mikroskop konfokalny Leica SP8 MP
• 
• statyw prosty
  • skaner konwencjonalny i rezonansowy (8 kHz)
  • lasery VIS: 405, 488, 552, 638 nm
  • laser IR: Chameleon Vision II, pulsy femtosekundowe, długość fali regulowana w zakresie 680-1080 nm
  • detektory: 4 wewnętrzne PMT, 1 detektor HyD, 4 zewnętrzne NDD-PMT
  • obiektywy: 10x (NA 0,40), 20x (NA 0,75), 25x (NA 0,95 W), 40x (NA 1,10 W; NA 1,3 Oil), 63x (NA 1,4 Oil)
  • zmotoryzowany stolik skaningowy
  • kontroler temperatury i wkładka grzewcza do naczyń Petriego
  • zestaw do przyżyciowego obrazowania myszy laboratoryjnych
• skaningowy mikroskop elektronowy Auriga 60 Zeiss
  • typ cross-beam z działem jonowym Cobra
  • emisja polowa, praca przy napięciach ~0.8-30 kV
  • wielokanałowy system iniekcji gazów (GIS)
  • mikromanipulator
  • moduł cryo firmy Quorum
• mikroskop odwrócony Leica DMi8
• mikroskop prosty Leica DM1000
• mikroskop stereoskopowy Leica S8 APO

Preparatyka mikroskopii elektronowej

• witryfikator Leica HPM 100
• robot do utrwalania próbek biologicznych (freeze-substitution) Leica EM AFS2
• ultramikrotom Leica EM UC7
• aparat do kontrastowania Leica EM AC20
• napylarka wysokopróżniowa Leica EM ACE600
• suszarka do automatycznego suszenia w punkcie krytycznym Leica CPD300
• procesor tkankowy Leica EM TP

Preparatyka histologiczna

• system do mikrodysekcji laserowej Leica LMD 7000
• wibratom Leica VT1200S
• procesor próżniowo-ciśnieniowy Sakura VIP 6
• manualne centrum do zatapiania w parafinie Sakura TEC5
• automatyczne centrum barwiące Sakura Tissue-Tek Prisma
• automatyczny system do zamykania szkiełek filmem Sakura Tissue-Tek Film Coverslipper
• mikrotom rotacyjny Sakura Autosection
• zestaw do opracowywania skrawków
• system do skrawania w niskich temperaturach Sakura CRYO 3

Hodowle komórkowe:

• inkubatory Binder CB160
• komory laminarne MARS 1200 LABOGENE
• wirówki i inne akcesoria

Oprogramowanie do analizy obrazów

• Imaris 9 (Bitplane)
• Huygens Professional (SVI)
• Image-Pro Premier (Media Cybernetics)
• SlideBook (3I)

1. Kupczyk P, Simiczyjew A, Marczuk J, Dratkiewicz E, Beberok A, Rok J, Pieniazek M, Biecek P, Nevozhay D, Slowikowski B, Chodaczek G, Wrzesniok D, Nowak D, Donizy P. PARP1 as a Marker of an Aggressive Clinical Phenotype in Cutaneous Melanoma-A Clinical and an In Vitro Study. Cells. 2021 Jan 31;10(2):286. org/10.3390/cells10020286.
2. Thorat ND, Dworniczek E, Brennan G, Chodaczek G, Mouras R, Gascón Pérez V, Silien C, Tofail SAM, Bauer J. Photo-responsive functional gold nanocapsules for inactivation of community-acquired, highly virulent, multidrug-resistant MRSA. J Mater Chem B. 2021 Jan 28;9(3):846-856. org/10.1039/d0tb02047h.
3. Krasowski G, Junka A, Paleczny J, Czajkowska J, Makomaska-Szaroszyk E, Chodaczek G, Majkowski M, Migdał P, Fijałkowski K, Kowalska-Krochmal B, Bartoszewicz M. In Vitro Evaluation of Polihexanide, Octenidine and NaClO/HClO-Based Antiseptics against Biofilm Formed by Wound Pathogens. Membranes (Basel). 2021 Jan 17;11(1):62. org/10.3390/membranes11010062.
4. Chodaczek G, Pagni PP, Christoffersson G, Ratliff SS, Toporkiewicz M, Wegrzyn AS, von Herrath M. The effect of Toll-like receptor stimulation on the motility of regulatory T cells. J Autoimmun. 2021 Jan;116:102563. org/10.1016/j.jaut.2020.102563.
5. Kulbacka J, Chodaczek G, Rossowska J, Szewczyk A, Saczko J, Bazylińska U. Investigating the photodynamic efficacy of chlorin e6 by millisecond pulses in metastatic melanoma cells. Bioelectrochemistry. 2020 Dec 29;138:107728. org/10.1016/j.bioelechem.2020.107728.
6. Drabik D, Chodaczek G, Kraszewski S. Effect of Amyloid-β Monomers on Lipid Membrane Mechanical Parameters-Potential Implications for Mechanically Driven Neurodegeneration in Alzheimer’s Disease. Int J Mol Sci. 2020 Dec 22;22(1):E18. org/10.3390/ijms22010018.
7. Drabik D, Chodaczek G, Kraszewski S, Langner M. Mechanical Properties Determination of DMPC, DPPC, DSPC, and HSPC Solid-Ordered Bilayers. Langmuir. 2020 Apr 14;36(14):3826-3835. org/10.1021/acs.langmuir.0c00475.
8. Skulska K, Wegrzyn AS, Chelmonska-Soyta A, Chodaczek G. Impact of tissue enzymatic digestion on analysis of immune cells in mouse reproductive mucosa with a focus on γδ T cells. J Immunol Methods. 2019 Nov;474:112665. org/10.1016/j.jim.2019.112665.
9. Bazylińska U, Kulbacka J, Chodaczek G. Nanoemulsion Structural Design in Co-Encapsulation of Hybrid Multifunctional Agents: Influence of the Smart PLGA Polymers on the Nanosystem-Enhanced Delivery and Electro-Photodynamic Treatment. Pharmaceutics. 2019 Aug 11;11(8). pii: E405. org/10.3390/pharmaceutics11080405.
10. Matczuk AK, Chodaczek G, Ugorski M. Production of Recombinant EAV with Tagged Structural Protein Gp3 to Study Artervirus Minor Protein Localization in Infected Cells. 2019 Aug 9;11(8). pii: E735. doi.org/10.3390/v11080735.
11. Junka A, Żywicka A, Chodaczek G, Dziadas M, Czajkowska J, Duda-Madej A, Bartoszewicz M, Mikołajewicz K, Krasowski G, Szymczyk P, Fijałkowski K. Potential of Biocellulose Carrier Impregnated with Essential Oils to Fight Against Biofilms Formed on Hydroxyapatite. Sci Rep. 2019 Feb 4;9(1):1256. org/10.1038/s41598-018-37628-x.
12. Żywicka A, Wenelska K, Junka A, Chodaczek G, Szymczyk P, Fijałkowski K. Immobilization pattern of morphologically different microorganisms on bacterial cellulose membranes. World J Microbiol Biotechnol. 2019 Jan 2;35(1):11. org/10.1007/s11274-018-2584-7.
13. Mikolajewicz K, Chodaczek G. Going deeper: three-dimensional study of γδ T cells in mouse reproductive tract using tissue clearing methods. Immunol Cell Biol. 2019 Jan;97(1):104-111. org/10.1111/imcb.12202.
14. Motola M, Dworniczek E, Satrapinskyy L, Chodaczek G, Grzesiak J, Gregor M, Plecenik T, Nowicka J, Plesch G. UV light-induced photocatalytic, antimicrobial, and antibiofilm performance of anodic TiO2 nanotube layers prepared on titanium mesh and Ti sputtered on silicon. Pap. 2018. doi.org/10.1007/s11696-018-0667-4.
15. Żywicka A, Junka AF, Szymczyk P, Chodaczek G, Grzesiak J, Sedghizadeh PP, Fijałkowski K. Bacterial cellulose yield increased over 500% by supplementation of medium with vegetable oil. Carbohydr Polym. 2018 Nov 1;199:294-303. org/10.1016/j.carbpol.2018.06.126.
16. Dydak K, Junka A, Szymczyk P, Chodaczek G, Toporkiewicz M, Fijałkowski K, Dudek B, Bartoszewicz M. Development and biological evaluation of Ti6Al7Nb scaffold implants coated with gentamycin-saturated bacterial cellulose biomaterial. PLoS One. 2018 Oct 24;13(10):e0205205. org/10.1371/journal.pone.0205205.
17. Weżgowiec J, Kulbacka J, Saczko J, Rossowska J, Chodaczek G, Kotulska M. Biological effects in photodynamic treatment combined with electropermeabilization in wild and drug resistant breast cancer cells. Bioelectrochemistry. 2018 Oct;123:9-18. org/10.1016/j.bioelechem.2018.04.008.
18. Zygmunt BM, Węgrzyn A, Gajska W, Yevsa T, Chodaczek G, Guzmán CA. Mannose Metabolism Is Essential for Th1 Cell Differentiation and IFN-γ J Immunol. 2018 Jul 20. doi.org/10.4049/jimmunol.1700042.
19. Doskocz J, Drabik D, Chodaczek G, Przybyło M, Langner M. Statistical Analysis of Bending Rigidity Coefficient Determined Using Fluorescence-Based Flicker-Noise Spectroscopy. J Membr Biol. 2018 Jun 1. org/10.1007/s00232-018-0037-8.
20. Kupczyk P, Reich A, Gajda M, Hołysz M, Wysokińska E, Paprocka M, Nevozhay D, Chodaczek G, Jagodziński PP, Ziółkowski P, Szepietowski JC. UCHL1/PGP 9.5 Dynamic in Neuro-Immune-Cutaneous Milieu: Focusing on Axonal Nerve Terminals and Epidermal Keratinocytes in Psoriatic Itch. Biomed Res Int. 2018 Jul 25;2018:7489316. org/10.1155/2018/7489316.
21. Chodaczek G, Toporkiewicz M, Zal MA, Zal T (2018) Epidermal T Cell Dendrites Serve as Conduits for Bidirectional Trafficking of Granular Cargo. Immunol. 2018 June 22;9:1430. doi.org/10.3389/fimmu.2018.01430.
22. Orlowski P, Tomaszewska E, Ranoszek-Soliwoda K, Gniadek M, Labedz O, Malewski T, Nowakowska J, Chodaczek G, Celichowski G, Grobelny J, Krzyzowska M. Tannic acid-modified silver and gold nanoparticles as novel stimulators of dendritic cells activation. Immunol. 2018 May 22;9:1115. doi.org/10.3389/fimmu.2018.01115.
23. Borek A, Sokolowska-Wedzina A, Chodaczek G, Otlewski J. Generation of high-affinity, internalizing anti-FGFR2 single-chain variable antibody fragment fused with Fc for targeting gastrointestinal cancers. PLoS One. 2018 Feb 8;13(2):e0192194. org/10.1371/journal.pone.0192194.
24. Suchanski J, Tejchman A, Zacharski M, Piotrowska A, Grzegrzolka J, Chodaczek G, Nowinska K, Rys J, Dziegiel P, Kieda C, Ugorski M. Podoplanin increases the migration of human fibroblasts and affects the endothelial cell network formation: A possible role for cancer-associated fibroblasts in breast cancer progression. PLoS One. 2017 Sep 22;12(9):e0184970. org/10.1371/journal.pone.0184970.
25. Sokolowska-Wedzina A, Chodaczek G, Chudzian J, Borek A, Zakrzewska M, Otlewski J. High-Affinity Internalizing Human scFv-Fc Antibody for Targeting FGFR1-overexpressing Lung Cancer. Mol Cancer Res. 2017 Aug; 15(8):1040-1050. org/10.1158/1541-7786.MCR-16-0136.
26. Bazylińska U, Pietkiewicz J, Rossowska J, Chodaczek G, Gamian A, Wilk KA. Polyelectrolyte Oil-Core Nanocarriers for Localized and Sustained Delivery of Daunorubicin to Colon Carcinoma MC38 Cells: The Case of Polysaccharide Multilayer Film in Relation to PEG-ylated Shell. Macromol Biosci. 2017 May; 17(5). org/10.1002/mabi.201600356.
27. Junka A, Fijałkowski K, Zabek A, Mikołajewicz K, Chodaczek G, Szymczyk P, Smutnicka D, Zywicka A, Sedghizadehf PP, Dziadas M, Młynarz P, Bartoszewicz M. Correlation between type of alkali rinsing, cytotoxicity of bio-nanocellulose and presence of metabolites within cellulose membranes. Carbohydr Polym. 2017; 157:371-379. org/10.1016/j.carbpol.2016.10.007.
28. Bzdzion L, Krezel H, Wrzeszcz K, Grzegorek I, Nowinska K, Chodaczek G, Swietnicki W. Design of small molecule inhibitors of type III secretion system ATPase EscN from enteropathogenic Escherichia coli. Acta Biochim Pol. 2017;64(1):49-63. org/10.18388/abp.2016_1265.
29. Drabik D, Przybyło M, Chodaczek G, Iglič A, Langner M. The modified fluorescence based vesicle fluctuation spectroscopy technique for determination of lipid bilayer bending properties. Biochim Biophys Acta. 2015;1858(2):244-252. org/10.1016/j.bbamem.2015.11.020.